Ο ρυθμός αφαλάτωσης των στοιχείων μεμβράνης RO καθορίζεται κατά τη διαδικασία κατασκευής τους και ο βαθμός αφαλάτωσης εξαρτάται από την πυκνότητα του εξαιρετικά λεπτού στρώματος αφαλάτωσης στην επιφάνεια του στοιχείου μεμβράνης RO. Όσο πιο πυκνό είναι το στρώμα αφαλάτωσης, τόσο υψηλότερος είναι ο ρυθμός αφαλάτωσης και τόσο χαμηλότερη είναι η παραγωγή νερού. Ο ρυθμός αφαλάτωσης των μεμβρανών αντίστροφης όσμωσης για διαφορετικές ουσίες καθορίζεται κυρίως από τη δομή και το μοριακό βάρος των ουσιών. Ο ρυθμός αφαλάτωσης για υψηλού σθένους και σύνθετα μονοσθενή ιόντα μπορεί να υπερβαίνει το 99%, ενώ ο ρυθμός αφαλάτωσης για μονοσθενή ιόντα όπως ιόντα νατρίου, καλίου και χλωρίου είναι ελαφρώς χαμηλότερος, αλλά μπορεί επίσης να υπερβαίνει το 98% (όσο μεγαλύτερη είναι η χρήση της μεμβράνης αντίστροφης όσμωσης και όσο περισσότερους χρόνους χημικού καθαρισμού υφίσταται, τόσο χαμηλότερος είναι ο ρυθμός αφαλάτωσης της μεμβράνης αντίστροφης όσμωσης). Ο ρυθμός απομάκρυνσης για οργανική ύλη με μοριακό βάρος μεγαλύτερο από 100 μπορεί επίσης να υπερβαίνει το 98%, αλλά ο ρυθμός απομάκρυνσης για οργανική ύλη με μοριακό βάρος μικρότερο από 100 είναι χαμηλότερος.
Η μέθοδος υπολογισμού του ρυθμού αφαλάτωσης και της διαπερατότητας από άλατα της μεμβράνης αντίστροφης όσμωσης:
Διαπερατότητα άλατος της μεμβράνης RO=Συγκέντρωση παραγωγής νερού μεμβράνης RO/συγκέντρωση εισροής × 100%
Ποσοστό αφαλάτωσης της μεμβράνης RO=(1- Περιεκτικότητα σε αλάτι της παραγόμενης μεμβράνης RO/Περιεκτικότητα σε αλάτι της εισροής) × 100%
Διαπερατότητα άλατος της μεμβράνης RO=100% - ρυθμός αφαλάτωσης